如何使用pubmed檢索生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn).ppt

如何使用pubmed檢索外文生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn),廣州中醫(yī)藥大學(xué)圖書館020-36585807,PUBMED,1、PUBMED簡介2、PUBMED的基本檢索功能3、PUBMED的高級檢索功能4、PUBMED的結(jié)果的處理,1.1什么是Pubmed？1.2Pubmed的發(fā)展過程1.3Pubmed的收錄范圍1.4Pubmed的記錄來源1.5Pubmed的常用字段1.6Pubmed檢索的特點(diǎn)1.7Pubmed界面,1、PUBMED簡介,創(chuàng)建機(jī)構(gòu)：美國國立醫(yī)學(xué)圖書館（NLM）下設(shè)的美國生物技術(shù)信息中心（NCBI）摘要型(Abstract)的數(shù)據(jù)庫,提供文獻(xiàn)的線索特色：免費(fèi)、收錄廣、內(nèi)容全、檢索途徑多、檢索體系完備、文摘庫、部分文獻(xiàn)可以免費(fèi)獲得全文整合在NCBI的統(tǒng)一檢索平臺Entrez上，與該平臺其他數(shù)據(jù)庫建立無縫鏈接，可實(shí)現(xiàn)跨庫檢索,1.1什么是PubMed？,1.2PubMed的發(fā)展歷程,1997-,1983-,1971-,1879-,PubMed網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫,Medline光盤數(shù)據(jù)庫,Medline聯(lián)機(jī)檢索系統(tǒng),IndexMedlcus（IM）檢索期刊,收錄全世界80多個國家5200多種生物醫(yī)學(xué)期刊的文摘及題錄數(shù)據(jù)，涉及40多個語種English4806（約占85%)Chinese69FrenchJapanese絕大部分可回溯至1948年，最早回溯至1865年內(nèi)容涉及基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、護(hù)理學(xué)、口腔醫(yī)學(xué)、獸醫(yī)學(xué)、環(huán)境醫(yī)學(xué)、營養(yǎng)衛(wèi)生、職業(yè)病學(xué)、衛(wèi)生管理、醫(yī)療保健、微生物、藥學(xué)、社會醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域,1.3PubMed的收錄范圍,期刊論文發(fā)表時所用的語言,部分文獻(xiàn)可直接獲取全文，包括PubmedCentral（PMC，收錄期刊780余種）；NLM開發(fā)的免費(fèi)生物醫(yī)學(xué)數(shù)字化期刊全文數(shù)據(jù)庫開放獲取（OpenAcess，OA）期刊部分出版商提供的免費(fèi)文獻(xiàn),1.3PubMed的收錄范圍,MEDLINEIndexed1966年以來的MEDLINE已標(biāo)引數(shù)據(jù)，有MeSH字段和摘要，標(biāo)記：PubMed-indexedforMEDLINE,1.4PubMed的記錄來源,OLDMEDLINE1948-1965年間發(fā)表的200萬篇生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)未標(biāo)引，無MeSH字段，標(biāo)記：PubMed-OLDMEDLINE,1.4PubMed的記錄來源,MEDLINEInprocess由MEDLINE的期刊出版商提供的尚未標(biāo)引的數(shù)據(jù)只有簡單的書目及文摘信息，無MeSH字段標(biāo)引后，獲得MeSH詞后，再加入MEDLINEIndexed標(biāo)記：PubMed-inprocess,1.4PubMed的記錄來源,Publisher-Supplied出版商提供的電子文獻(xiàn)題錄包括MEDLINE未收錄的部分記錄標(biāo)記：PubMed-assuppliedbypublisher,1.4PubMed的記錄來源,1.5PubMed的常用字段,PubMed中供顯示和限定檢索用的字段共有60多個,1.5PubMed的常用字段,系統(tǒng)特點(diǎn)：主題加工規(guī)范檢索方式靈活多樣免費(fèi)提供題錄和文摘提供與原文的網(wǎng)址鏈接(部分免費(fèi)獲取）提供檢索詞自動轉(zhuǎn)換匹配,1.6PubMed的檢索特點(diǎn),檢索詞輸入框,使用幫助,常用工具,更多服務(wù),1.7PubMed界面,PubMed題錄,作者AU,題名TI,來源SO,PubMed記錄類型（狀態(tài)）,2.1自動詞語匹配檢索2.2著者檢索2.3期刊檢索2.4短語精確檢索2.5截詞檢索2.6布爾邏輯檢索2.7限定檢索2.8日期或日期范圍檢索,2、PUBMED基本檢索功能,輸入有實(shí)際意義的檢索詞，點(diǎn)擊“Search”，系統(tǒng)按照自動詞語匹配的原理進(jìn)行檢索Pubmed最具特色的檢索功能之一智能化的檢索過程基本原理：對輸入的檢索詞，首先在多個索引詞表進(jìn)行搜索、比對，并自動轉(zhuǎn)換為相應(yīng)的MeSH主題詞、著者或刊名，再將檢索詞在allfields（所有字段）中檢索，并執(zhí)行“OR”邏輯運(yùn)算。如有多個檢索詞或短語詞組，則繼續(xù)將其拆分為單詞后分別在allfields中檢索，單詞之間的邏輯關(guān)系為“AND”,2.1自動詞語匹配檢索,SearchDetails框詳細(xì)顯示自動詞語匹配的實(shí)際檢索有較好的查全率，同時保證一定的查準(zhǔn)率例如，查找阿司匹林防治心肌梗死的文獻(xiàn)，最簡單的方法是在檢索框中直接輸入Heartattackaspirin三個詞,2.1自動詞語匹配檢索,轉(zhuǎn)換后的檢索式可進(jìn)行修改,三種方法：一.在檢索框中輸入著者姓名，Pubmed自動執(zhí)行著者檢索一般姓在前名在后，姓用全稱，名用首字母例如，輸入SmithSR可檢索出姓為Smith，名的首字母為SR的所有著者的文獻(xiàn)2002年以后的文獻(xiàn)，Pubmed可實(shí)現(xiàn)對姓名全稱的檢索，而且姓名排列順序不限例如，輸入SmithSR的姓名全稱StevenRSmith，可檢索出2002年以來該著者被Pubmed收錄的文獻(xiàn)。,2.2著者檢索,二.通過字段限定檢索及組合檢索也可實(shí)現(xiàn)更精確的著者檢索例如，輸入SmithSR1AU可檢索出第一著者為SmithSR的文獻(xiàn)三.通過“Advanced”中的“Author”限定，可以檢索該作者的文獻(xiàn),2.2著者檢索,四種方法：一.利用PubMed自動詞語匹配功能，其輸入規(guī)則是：期刊全名、MEDLINE期刊縮寫名、ISSN號（例如1671-3982）三種形式中的任何一種形式均可。例如：CancerRES。如果期刊刊名正好與MeSH詞相同，例如cell、science等，PubMed將這些詞作為MeSH詞檢索。,2.3期刊檢索,二是利用期刊字段限定檢索，其輸入規(guī)則是：在刊名之后加上刊名字段符。例如：CancerRESTA。三是通過“Advanced”中的“Journal”，可以檢索該刊發(fā)表的文獻(xiàn)。四是通過“JournalsinNCBIDatabases”，查找到該刊后，再選定該刊，發(fā)送到檢索框進(jìn)行期刊檢索。,2.3期刊檢索,2.4短語精確檢索,對檢索詞加上雙引號（英文狀態(tài)）進(jìn)行強(qiáng)制檢索短語精確精確檢索時，Pubmed關(guān)閉自動詞語匹配功能例如：檢索框中輸入“traditionalChinesemedicine”，PubMed將“traditionalChinesemedicine”作為一個不可分割的短語在數(shù)據(jù)庫的所有可檢索字段中進(jìn)行檢索。,2.4短語精確檢索,2.4短語精確檢索,結(jié)果對比,2.5截詞檢索,在檢索詞后加“*”可實(shí)現(xiàn)截詞檢索，以提高查全率，對詞根或詞尾略有變化的詞進(jìn)行檢索時需要應(yīng)用截詞檢索。截詞檢索時，Pubmed關(guān)閉自動詞語匹配功能，PubMed允許使用“*”進(jìn)行右邊截詞檢索。如：“viru*”，檢索以viru開頭的單詞，immun*，可以檢出immune、immunologic等詞。如果單詞數(shù)量大于600，則PubMed自動提示延長詞干。截詞功能只限于單詞，對詞組無效。,2.6布爾邏輯檢索,邏輯運(yùn)算符號主要有“AND”、“OR”、“NOT”，分別表示“邏輯與”，“邏輯或”，“邏輯非”。,AANDB,AORB,ANOTB,2.6布爾邏輯檢索,直接輸入幾個檢索詞，系統(tǒng)默認(rèn)詞之間是AND的邏輯組配關(guān)系邏輯運(yùn)算符號的順序?yàn)閺淖笾劣?，可以用全括號來改變其運(yùn)算順序。,2.7限定檢索,限定檢索功能是對上一次檢索操作結(jié)果進(jìn)行限定。限定檢索將限定在MEDLINE數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行。限定檢索結(jié)束后，需要將限定取消，點(diǎn)擊“Clearall”。選擇條件就是點(diǎn)擊選中限定選項(xiàng)。PubMed可限定內(nèi)容包括：字段、文獻(xiàn)類型、語種、日期、子集（Subsets）限定等。,2.8日期或日期范圍檢索,可以在檢索框中鍵入日期或日期范圍，系統(tǒng)會按日期段檢索，并將符合條件的記錄予以顯示。日期的錄入格式為YYYY/MM/DDDP,可以只寫年如：1999/09/08DP:出版日期為1999年9月08日期范圍用冒號鏈接如：2004/01:2004/06DP日期字段有三個DP、EDAT、MHDA,3.1檢索史3.2組合檢索3.3主題詞檢索3.4期刊數(shù)據(jù)庫檢索3.5其他檢索服務(wù),3、PUBMED高級檢索功能,3.1檢索史,SearchHistory檢索史，包括檢索式序號、檢索提問式、檢索時間及檢索結(jié)果數(shù)單擊檢索式序號，顯示Options選項(xiàng)，可執(zhí)行AND、OR、NOT、Delete（刪除檢索式）、SaveinmyNCBI（把檢索式保存在MyNCBI）等不同操作檢索史最多保留8小時,3.2組合檢索,組合檢索可實(shí)現(xiàn)多個字段的邏輯組配檢索在之前的檢索基礎(chǔ)上可以序號形式參與運(yùn)算。如：#1AND#2、#3OR#4等。,3.3MESH主題詞檢索,PubMed記錄中的醫(yī)學(xué)主題詞(MeSH,MedicalSubjectHeadings)是由標(biāo)引員為PubMed中的Medline文獻(xiàn)所人工指定的詞，主題詞對同一概念的不同表達(dá)方式進(jìn)行了規(guī)范。PubMed能自動地為輸入的檢索詞尋找相應(yīng)的MeSH詞用戶利用一個MeSH詞能找出所有有關(guān)該主題的文獻(xiàn)不同拼寫：leukemia(s),leukaemia(s)leukemia同義詞：cancer(s),tumor(s),tumour(s),neoplasm(s)neoplasms,3.3MESH主題詞檢索,一篇文章可有多個MeSH詞主題詞可以組配相應(yīng)的副主題詞主題詞的樹狀結(jié)構(gòu)表：系統(tǒng)默認(rèn)對含有下位概念的主題詞進(jìn)行擴(kuò)展檢索注意：MeSH主題詞檢索，只檢索來源于MEDLINE的文獻(xiàn)，不檢索PubMed其他來源的文獻(xiàn)(suppliedbypublisher)，且未經(jīng)MeSH主題詞標(biāo)引的文獻(xiàn)檢索不到(inprocess、OLDMEDLINE),SubHeadings副主題詞,副主題詞（subheadings）是用于對主題詞做進(jìn)一步限定的詞語。如某一疾病的診斷、治療，某種藥物的毒性、副作用等。目前有83個副主題詞并非每個主題詞都能和83個副主題詞組配。,二.PUBMED使用指南,主題詞（MeSH）檢索的具體方法和步驟如下：,副主題詞,主要主題詞（加權(quán)）,擴(kuò)展檢索,樹狀結(jié)構(gòu),二.PUBMED使用指南,檢索結(jié)果：,主題詞檢索注意問題,當(dāng)課題含有多個主題詞時，在MeSHDatabase中的操作往往需要重復(fù)多次。進(jìn)入到主題詞細(xì)節(jié)頁面時，要多注意主題詞的上位詞和下位詞情況，看看是否有更加合適的主題詞。同時選多個副主題詞時，其間的邏輯關(guān)系是OR。系統(tǒng)默認(rèn)對下位主題詞進(jìn)行擴(kuò)檢，若不需要，可勾選。,3.4期刊數(shù)據(jù)庫檢索,期刊數(shù)據(jù)庫檢索可查詢PubMed及Entrez平臺其他數(shù)據(jù)庫所收錄的期刊信息提供Topic、刊名全稱、Medline刊名縮寫、ISSN等檢索途徑，也可以按學(xué)科（SubjectTerms）進(jìn)行瀏覽,可以看到刊名、刊名縮寫、出版社、語種、ISSN等期刊詳細(xì)信息哦！,檢出該刊的文獻(xiàn)信息,3.4期刊數(shù)據(jù)庫檢索,按學(xué)科瀏覽數(shù)據(jù)庫期刊,在JournalsinNCBIDatabases檢索頁面用戶還可以獲得包括PubMed收錄期刊一覽表在內(nèi)的EntrezJournals以及PubMed鏈接全文網(wǎng)址的電子期刊一覽表。,護(hù)理學(xué)，點(diǎn)擊可看到數(shù)據(jù)庫收錄的這一學(xué)科相關(guān)的所有期刊,（1）JournalsinNCBIDatabases（期刊數(shù)據(jù)庫）（2）MeshDatabase（醫(yī)學(xué)主題詞數(shù)據(jù)庫）（3）CitationMatcher（引文匹配器）（4）ClinicalQueries（臨床查詢）（5）Topic-SpecialQueries（特定查詢）（6）LinkOut（外部鏈接）（7）MyNCBI（我的NCBI）,3.5其他檢索服務(wù),ClinicalQueries（臨床查詢）是專門為臨床醫(yī)生設(shè)計(jì)的搜索引擎。包括ClinicalStudyCategory（臨床問題目錄）、SystematicReviews（系統(tǒng)評價）和MedicalGenetics(醫(yī)學(xué)遺傳學(xué))三類檢索功能。,ClinicalQueries（臨床查詢）,ClinicalStudyCategory列有臨床醫(yī)生常用的類目，如therapy（治療）、diagnosis（診斷）、etiology（病因）和prognosis（預(yù)后）等。在檢索框內(nèi)輸入檢索詞，然后選擇上述類目即可，同時可以根據(jù)需要選擇強(qiáng)調(diào)查全率（“broad，sensitivesearch”）還是查準(zhǔn)率（“narrow，specificsearch”）。SystematicReviews（系統(tǒng)評價）功能專門用來檢索經(jīng)專家評價過的質(zhì)量高的循證醫(yī)學(xué)文獻(xiàn);提供檢索疾病的SystematicReviews（系統(tǒng)評價）、meta-analysis（meta分析）、Reviewsofclinical（臨床試驗(yàn)評論）和evidence-basedmedicine（循證醫(yī)學(xué)）等方面的文獻(xiàn)。MedicalGenetics：供檢索醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)方面的文獻(xiàn)。,ClinicalQueries（臨床查詢）,ClinicalQueries利用內(nèi)在的過濾器使其檢索結(jié)果更加貼近臨床的需要。如果用戶需要查閱的并不僅僅局限于臨床，也包括基礎(chǔ)研究，則不應(yīng)該使用這個檢索引擎。,ClinicalQueries（臨床查詢）,是針對不同的用戶，不同的學(xué)科專題以及不同類型的期刊而設(shè)立的專項(xiàng)信息的檢索服務(wù)。例如特設(shè)了AIDS（艾滋病）、Bioethics（生物倫理）、Cancer（癌癥）、ComplementaryMedicine（替代醫(yī)學(xué)）、healthliteracy（健康素養(yǎng)）等專題檢索。,Topic-SpecialQueries（特定查詢）,提供個性化服務(wù)，非常實(shí)用的文獻(xiàn)管理工具，可以對存儲的檢索策略進(jìn)行自動更新檢索并將檢索結(jié)果發(fā)送到指定的E-mail郵箱，還可以對檢索結(jié)果設(shè)定Filter（過濾器）和LinkOut等。進(jìn)入MyNCBI，首先免費(fèi)注冊，獲得用戶名和密碼，可以管理在NCBI所有數(shù)據(jù)庫的檢索過程及檢索結(jié)果，追蹤了解所在研究領(lǐng)域的最新進(jìn)展,MyNCBI（我的NCBI）,首頁,登錄,注冊,保存檢索策略及Email定期自動更新檢索結(jié)果保存檢索結(jié)果過濾檢索結(jié)果MyMCBI的過濾器（Flite）提供了個性化的檢索結(jié)果過濾功能建立個人書目記錄（MyBibliography）及其他感興趣著者的文獻(xiàn)記錄（OtherCitations）MyNCBI頁面的RecentActivity可以顯示最近6個月用戶的檢索記錄，包括檢索時間、檢索的數(shù)據(jù)庫、檢索結(jié)果、瀏覽的文獻(xiàn)等,MyNCBI（我的NCBI）,檢索結(jié)果的處理：點(diǎn)擊命中的記錄數(shù)可以進(jìn)入檢索結(jié)果顯示頁面，默認(rèn)顯示全部文獻(xiàn)。顯示格式(DisplaySettings)結(jié)果排序(DisplaySettings-Sortby)保存為本地文件（最多10000篇）(SendtoFile)臨時存放至剪貼板(SendtoClipboard)保存為個人資料集(SendtoCollections)發(fā)送至電子郵箱(SendtoE-mail),4、檢索結(jié)果的處理,可以通過改變DisplaySetting后的下拉菜單中的選項(xiàng)來改變題錄的顯示方式，主要有如下幾方面的選項(xiàng)。,4、檢索結(jié)果的處理,可以通過改變DisplaySetting后的下拉菜單中的選項(xiàng)來改變題錄的顯示方式，主要有如下幾方面的選項(xiàng)。,4、檢索結(jié)果的處理,排序,顯示形式：題錄、摘要等,每頁顯示條數(shù),結(jié)果輸出選項(xiàng)：即對檢索結(jié)果的保存。保存操作時，可先用鼠標(biāo)對記錄左邊的復(fù)選框打標(biāo)記，然后選用下列操作：,選File，將所有記錄（或選定記錄）按照文本格式進(jìn)行保存，最大保存記錄數(shù)為10000條。,選Clipboard，所有記錄（或選定記錄）添加到臨時的粘貼板。,選E-mail，發(fā)送到指定的電子郵箱。選Order為原文訂購，不對中國國內(nèi)用戶開放。選MyBibliograghy，就是保存到MyNCBI。,4、檢索結(jié)果的處理,檢出結(jié)果保存到Endnote或NoteExpress選擇濾鏡導(dǎo)入到軟件以MEDLINE格式保存檢出結(jié)果的全文追蹤圖書館已經(jīng)購買的全文PubmedCentralOnlinefreefulltext,4、檢索結(jié)果的處理,MEDLINE格式顯示,鏈接到全文：通過檢索結(jié)果界面左側(cè)和文獻(xiàn)信息記錄下方的鏈接可鏈接期刊出版商、部分期刊全文；,PubMed的全文鏈接,全文獲取,小結(jié),PubMed的自動詞語匹配檢索一般適合檢索經(jīng)驗(yàn)有限的初級用戶，也適合對課題做初步檢索。檢索經(jīng)驗(yàn)豐富的用戶，或者對查全率查準(zhǔn)率有較高要求的檢索課題，需要仔細(xì)分析課題，編制較完備的檢索策略，綜合運(yùn)用PubMed提供的各種高級檢索功能。主題詞檢索是PubMed最具特色的功能之一，能保證較好的查準(zhǔn)率和查全率。但是主題詞檢索也有一些固有的缺陷，比如一些新出現(xiàn)的概念要幾年后才收錄為主題詞。這種情況下，采用字段限定檢索等方法也能得到較好的查準(zhǔn)率。此外，主題詞檢索還可能會漏掉一些最新的文獻(xiàn)。,