臨床檢測(cè)樣本RNA提取方法的比較研究生物技術(shù)專業(yè)

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1、 臨床檢測(cè)樣本 RNA 提取方法的比較研究 摘要:選擇市售的三種細(xì)胞裂解液(Liaison Plus、Troll Plus 和RNAOUT)和兩種 DNA\RNA共提試劑盒(柱式病毒 DHARNA 雙提試劑盒、Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒),分別對(duì)豬繁殖與呼吸綜合征病毒(PRRSV)、豬瘟病毒(CSFV)和乙型腦炎病毒(JEV)三種病毒 RNA 進(jìn)行提取,通過(guò)瓊脂糖凝膠電泳和 Real-time PCR 間接評(píng)價(jià)所提取的 RNA 質(zhì)量。結(jié)果表明:對(duì)于瓊脂糖凝膠電泳,上述三種細(xì)胞裂解液和 Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒對(duì)應(yīng)的組均可見(jiàn)清晰且高亮的條帶,

2、可用于臨床 RNA 病毒檢測(cè)以及定性分析。對(duì)于Real-time PCR,Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒 CT 值最低,Liaison Plus、Troll Plus 兩種細(xì)胞裂解液其次,以上三種試劑可用于臨床 RNA 病毒檢測(cè)以及定量分析。 關(guān)鍵詞:RNA;提取方法;比較;臨床 Comparison of Methods of clinical test samples RNA extraction Abstract:Three commercially available cell sates (Liaison Plus, Troll Plus and RNAOU

3、T) and two DNA / RNA co-kits (ALCMENA double-kit, Queasy rapid DNA / RNA co-kit) were selected to extract three animal RNA viruses(PRRSV, CSFV and JEV). The RNA quality was evaluated indirectly by agaric gel electroplate and Real-time PCR. The result shows, for agaric gel electroplate, the clearly

4、 and highlight bands can be seen above the groups of the three cell sates and Queasy rapid DNA / RNA co-kit, which can be used for clinical RNA virus detection and qualitative analysis. For Real-time PCR, the CT value of the Queasy rapid DNA / RNA co-kit group is the lowest, and the two cell sates g

5、roups(Liaison Plus, Troll Plus) followed. The above three reagents can be used for clinical RNA virus detection and quantitative analysis. Key words: RNA;Extraction Method;Comparison;Clinical RNA 是生物體重要的遺傳物質(zhì)[1]。近年來(lái),越來(lái)越多的科研結(jié)果表明,RNA 在生命進(jìn)程中的作用遠(yuǎn)不止于此,在 2002 年度 Science 評(píng)選的 10 大科學(xué)成就中 RNA 名列榜首。 RNA 分子

6、提取是生物學(xué)研究中的一項(xiàng)基本內(nèi)容,是進(jìn)行基因表達(dá)分析的基礎(chǔ)[2]。對(duì)于 DNA 文庫(kù)構(gòu)建、熒光定量 PCR、CRT、Northern 雜交等下游分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)來(lái)說(shuō),都需要質(zhì)量好的,完整性高的 RNA[3]。 在所有 RNA 試驗(yàn)中最關(guān)鍵的因素是分離得到全長(zhǎng) RNA。分離出純度高且完整的 RNA 是進(jìn)行基因表達(dá)分析及 RNA 結(jié)構(gòu)功能研究的基礎(chǔ)。在所有 RNA 實(shí)驗(yàn)中,最關(guān)鍵的步驟是分離得到純度高且完整的 RNA。,從組織細(xì)胞中分離純粹完整的 RNA 對(duì)于分子克隆和基因表達(dá)分析等試驗(yàn)是至關(guān)重要的[4,5] Chomsky 和 Sac chi 第一次提出了用異硫氰酸胍法提取細(xì)胞內(nèi)的 RNA

7、[6], 使得 RNA 的提取過(guò)程變得簡(jiǎn)便快捷。常見(jiàn)的 RNA 提取方法有強(qiáng)變性劑法[7]、CTAB 法[8]、ADS-Phenol 法[9]以及熱硼酸法[10]等。在商品化的今天,國(guó)內(nèi)外生物試劑公司研發(fā)出了許多 RNA 提取試劑盒。比如 Tamara 公司的 Liaison Plus; Inviting 公司的 Tripoli 總 RNA 提取試劑盒以及 Pure Link? RNA Mini Kit;上海生工的 UNlQ-10 柱式 Tripoli 總 RNA 抽提試劑盒;Omega 公司的 RNA 小量提取試劑盒(Bacteria RNA kit)以及高純 RNA 抽提試劑盒(HP

8、 total RNA kit); Engage 公司的 RN easy Protect Bacteria Mini and Midi Kits 等。都可以從病料組織或者培養(yǎng)細(xì)胞中快速有效地提取出高質(zhì)量高純度的 RNA。 實(shí)時(shí)熒光定量 PCR 的原理是以熒光共振能量轉(zhuǎn)移原理為基礎(chǔ)[11,12]。熒光共振能量轉(zhuǎn)移原理是當(dāng)一個(gè)熒光分子(供體分子)的熒光光譜與另一個(gè)熒光分子(受體分子)的激發(fā)光譜重疊時(shí),供體熒光分 子自身的熒光強(qiáng)度衰減,受體熒光分子的熒光強(qiáng)度增強(qiáng)。Ct 值是指每個(gè)反應(yīng)管內(nèi)的熒光信號(hào)到達(dá)設(shè)定的閾值時(shí)所經(jīng)歷的循環(huán)數(shù)。Ct 值是實(shí)時(shí)熒光 PCR 中一個(gè)很關(guān)鍵的因素,C 代表循環(huán)(Cycl

9、e), t 代表閾值(Threshold)。每個(gè)模板的 Ct 值與該模板的起始拷貝數(shù)的對(duì)數(shù)存在線性關(guān)系,起始拷貝數(shù)越多,Ct 值越小。利用已知起始拷貝數(shù)的標(biāo)準(zhǔn)品可做出標(biāo)準(zhǔn)曲線[13-15]。因此,根據(jù)熒光探針的發(fā)光基團(tuán)所發(fā)出的熒光強(qiáng)度與 PCR 產(chǎn)物的數(shù)量呈對(duì)應(yīng)關(guān)系,只要對(duì)熒光信號(hào)進(jìn)行“實(shí)時(shí)”檢測(cè)并獲得未知樣品的 Ct 值,即可從標(biāo)準(zhǔn)曲線上計(jì)算出該樣品的起始拷貝數(shù)。與普通 PCR 相比,實(shí)時(shí)熒光定量 PCR 可以利用熒光信號(hào)實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè) PCR 反應(yīng)過(guò)程中每一個(gè)循環(huán)擴(kuò)增產(chǎn)物的變化, 可以對(duì)初始模板量進(jìn)行定量分析。簡(jiǎn)單地說(shuō),實(shí)時(shí)熒光定量 PCR 的基本原理就是樣本核酸擴(kuò)增呈指數(shù)增長(zhǎng),在反應(yīng)體系

10、和條件完全一致的情況下,樣本 DNA 含量與擴(kuò)增產(chǎn)物的對(duì)數(shù)成正比,由于反應(yīng)體系中的熒光染料或熒光標(biāo)記物(熒光探針)與擴(kuò)增產(chǎn)物結(jié)合發(fā)光,其熒光量與擴(kuò)增產(chǎn)物量成正比,因此通過(guò)熒光量的檢測(cè)就可以測(cè)定樣本核酸量[16-18]。 大量的研究實(shí)驗(yàn)證明:雖然提取 RNA 的方法很多,但是其基本都是把細(xì)胞破碎以后,以除去材料中糖、蛋白質(zhì)、DNA 等雜質(zhì)為目標(biāo)。而且材料自身物理化學(xué)性質(zhì)的不同,不同的材料需要不同的提取方法[19 ,20]。因此,需要通過(guò)對(duì)比試驗(yàn),針對(duì)不同細(xì)胞組織,選擇更加合適的 RNA 提取方法。 1 材料與方法 1.1 試劑 高致病性豬繁殖于呼吸綜合癥活疫苗(JXA1-R 株,中

11、牧實(shí)業(yè)股份有限公司),豬瘟耐熱保護(hù)劑活疫苗(成都天邦生物制品有限公司,),日本乙型腦炎弱毒活疫苗 (SA14-14-2 株),Troll Plus 總 RNA 提取試劑(南京天為生物科技有限公司),動(dòng)物 RNAOUT(北京天恩澤基因科技有限公司),Liaison Plus(寶生物工程有限公司),柱式病毒 DHARNA 雙提試劑盒(北京天恩澤基因科技有限公司), Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒(上??祆`生物科技有限公司),氯仿(),乙醇(),異丙醇(上海申博化工有限公司),逆轉(zhuǎn)錄試劑盒(),Mixture() 1.2 總 RNA 提取 1.2.1 細(xì)胞裂解液法提取

12、RNA (1) Liaison Plus 法 取疫苗稀釋液 100μL,加 dH2O 稀釋到 500uL,加 700μL 細(xì)胞裂解液;劇烈振蕩,靜置 5—15min,充分反應(yīng),期間振蕩搖勻;加氯仿 200μL,劇烈振蕩,靜置 5min; 12000rpm/min,4℃離心 5min;吸取 600μL 上清,加入等體積的異丙醇,沉淀RNA,緩慢搖勻;-20℃保存 30min 以上;12000rpm/min 離心 15min,棄上清; 加入 400μL,75%的乙醇,顛倒 4 次;12000rpm/min 離心 5min,棄上清; 12000rpm/min,瞬離,吸干;吹干;每空加入

13、 30—40μL Release free dH2O,-80℃ 保存?zhèn)溆谩? 其中,疫苗稀釋液有三種(PRRSV、CSFV 和 JEV)。每組試驗(yàn)設(shè)立三個(gè)重復(fù)。 (2) RNAOUT 法 取疫苗稀釋液 100μL,加 dH2O 稀釋到 500uL,加 700μL 細(xì)胞裂解液;劇烈振蕩,靜置 5—15min,充分反應(yīng),期間振蕩搖勻;加氯仿 200μL,劇烈振蕩,靜置 5min; 12000rpm/min,4℃離心 5min;吸取 600μL 上清,加入等體積的異丙醇,沉淀RNA,緩慢搖勻;-20℃保存 30min 以上;12000rpm/min 離心 15min,棄上清; 加入 400μ

14、L,75%的乙醇,顛倒 4 次;12000rpm/min 離心 5min,棄上清; 12000rpm/min,瞬離,吸干;吹干;每空加入 30—40μL Release free dH2O,-80℃ 保存?zhèn)溆谩? 其中,疫苗稀釋液有三種(PRRSV、CSFV 和 JEV)。每組試驗(yàn)設(shè)立三個(gè)重復(fù)。 (3) Troll Plus 法 取疫苗稀釋液 100μL,加 dH2O 稀釋到 500uL,加 700μL 細(xì)胞裂解液;劇烈振蕩,靜置 5—15min,充分反應(yīng),期間振蕩搖勻;加氯仿 200μL,劇烈振蕩,靜置 5min; 12000rpm/min,4℃離心 5min;吸取 600μL

15、 上清,加入等體積的異丙醇,沉淀RNA,緩慢搖勻;-20℃保存 30min 以上;12000rpm/min 離心 15min,棄上清; 加入 400μL,75%的乙醇,顛倒 4 次;12000rpm/min 離心 5min,棄上清; 12000rpm/min,瞬離,吸干;吹干;每空加入 30—40μL Release free dH2O,-80℃ 保存?zhèn)溆谩? 其中,疫苗稀釋液有三種(PRRSV、CSFV 和 JEV)。每組試驗(yàn)設(shè)立三個(gè)重復(fù)。 1.2.2 柱式病毒 DHARNA 雙提試劑盒法提取 RNA 在 1.5mL 離心管中加入 100μL 疫苗稀釋液,加入 600μL 溶液 A

16、,振蕩 30s 混勻后室溫放置 10min(溶液 A 在 4℃放置后可能產(chǎn)生沉淀,使用前必須放入 65℃水浴使沉淀徹底溶解并充分搖勻后再取用);短暫離心后,將 500μL 溶液轉(zhuǎn)移到離心吸附柱中,室溫放置 2min;12000rpm 室溫離心 1min,棄收集管中的的穿透液,把離心柱放回到收集管中;將剩余的溶液短暫離心后全部轉(zhuǎn)移到上一步的離心柱中,室溫放置 2min;12000rpm 室溫離心 1min,棄收集管中的的穿透液,把離心 柱放回到收集管中;加入 700μL 的通用洗柱液到離心吸附柱中,12000rpm 室溫離心 1min,棄收集管中的穿透液,把離心柱放回到收集管中;12000

17、rpm 室溫離心 1min(干甩),棄含穿透液的離心管;將干甩后的離心吸附柱套入到一個(gè)自備的 Freebase 的 1.5mL 離心管中,在離心吸附柱的中心加入 30—40μL 的洗脫液,然后室溫放置 2min;12000rpm 離心 1min,離心管中為 RNA 溶液,-80℃保存?zhèn)溆谩? 其中,疫苗稀釋液有三種(PRRSV、CSFV 和 JEV),每組試驗(yàn)設(shè)立三個(gè)重復(fù)。 1.2.3 Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒法提取 RNA 在 1.5mL 了離心管中加入 100μL 處理好的樣本液,然后加入 300μL 核酸提取液,振蕩混勻,室溫靜置 2—3min;加入 400μL

18、 異丙醇,振蕩混勻,12000rpm 離心 5min,棄凈溶液;加入 600μL 50%異丙醇,振蕩混勻,12000rpm 離心 1min,棄凈溶液; 加入 600μL 75%乙醇,振蕩混勻,12000rpm 離心 1min,棄凈溶液;離心管短暫離心 5—10s 后,用 10μL 槍頭棄凈溶液,若管底出現(xiàn)少量沉淀,可開(kāi)蓋室溫干燥2—3min;加入 10—30uL 洗脫液,振蕩混勻后短暫離心,置于-80℃保存?zhèn)溆?。其中,疫苗稀釋液有三種(PRRSV、CSFV 和 JEV),每組試驗(yàn)設(shè)立三個(gè)重復(fù)。 1.3 RNA 質(zhì)量檢測(cè) 1.3.1 瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè) 分別取 RNA 樣品 6μL,加入

19、Ac Curt Reaction Mix(4X)2μL,混勻后室溫放置 2min;加入 Ac Curt Reaction Shoppe(r 5X)2μL,5X All-in-One RT Choirmaster 4μL, Antinuclear H2O 6μL,總體系為 20μL 進(jìn)行 CRT(25℃ 10min,42℃ 50min, 85℃ 5min)。將反應(yīng)生成的 DNA 分別用于普通 PCR,分別取 RNA 4—5 μL,在 1.0%的瓊脂糖凝膠上進(jìn)行電泳檢測(cè),85 V 恒壓 25 min。紫外燈下照射觀察條帶,并拍照記錄結(jié)果。 其中,RNA 樣品有三種(PRRSV、CSFV

20、 和 JEV),每組試驗(yàn)設(shè)立三個(gè)重復(fù)。 1.3.2 Real-time PCR 分別取 RNA 樣品 6μL,加入 Ac Curt Reaction Mix(4X)2μL,混勻后室溫放置 2min;加入 Ac Curt Reaction Shoppe(r 5X)2μL,5X All-in-One RT Choirmaster 4μL, Antinuclear H2O 6μL,總體系為 20μL 進(jìn)行 CRT(25℃ 10min,42℃ 15min, 85℃ 5min)。 其中,RNA 樣品有三種(PRRSV、CSFV 和 JEV),每組試驗(yàn)設(shè)立三個(gè)重復(fù)。而后配置 Real-time

21、 PCR 體系,如下: 體系: SYBR Premix EX Ta Ⅱ(2x): 10 AL PCR Forward Primer: 0.6 AL PCR Reverse Primer: 0.6 AL DNA 模板 2 AL 三蒸水 6.8 AL 總 20 AL 兩步法 PCR 擴(kuò)增標(biāo)準(zhǔn)程序: Stage1:預(yù)變性Reps:1 95℃ 30 秒 Stage2:PCR 反應(yīng) Reps:40 95℃ 5 秒 60℃ 30 秒 反應(yīng)結(jié)束后確認(rèn) Real-time PCR 的擴(kuò)增曲線和融解曲線,按照內(nèi)參基因和目的基因的擴(kuò)增結(jié)果,應(yīng)用 2ΔΔCT 的方法技術(shù)最終的 CT 值;

22、評(píng)價(jià)擴(kuò)增的效果,間接評(píng)價(jià)核酸的提取效果。 上述反應(yīng)應(yīng)用 ABI 7300 熒光定量 PCR 儀(美國(guó) Applied Bio systems 公司)進(jìn)行。其中,每組試驗(yàn)設(shè)立三個(gè)重復(fù)。 2.結(jié)果 2.1 瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)結(jié)果 2.1.1 高致病性豬繁殖于呼吸綜合癥活疫苗(JXA1-R 株)檢測(cè)結(jié)果 從圖 1 可以看出,Liaison Plus、RNAOUT、Troll Plus 和 Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒對(duì)應(yīng)的組,電泳條帶亮度和清晰度很高,彼此之間無(wú)肉眼可見(jiàn)差距;柱式病毒 DHARNA 雙提試劑盒對(duì)應(yīng)的組未發(fā)現(xiàn)條帶,表現(xiàn)不理想。 圖 1 PRRS

23、V DNA 瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果 (M 為 Marker,0 為空白對(duì)照,1-3、4-6、7-9、10-12、13-15 分別為 3 個(gè)平行組,依次對(duì)應(yīng)Liaison Plus、RNAOUT、Troll Plus、柱式病毒 DHARNA 雙提試劑盒、Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒) 2.1.2 豬瘟耐熱保護(hù)劑活疫苗檢測(cè)結(jié)果 從圖 2 可以看出,Liaison Plus、RNAOUT、Troll Plus 和 Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒對(duì)應(yīng)的組,電泳條帶亮度和清晰度很高。其中,Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒對(duì)應(yīng)的組條帶最清晰、亮度

24、最高;Liaison Plus 和 RNAOUT 對(duì)應(yīng)的組條帶中度清晰、亮度中等,但兩組之間無(wú)肉眼可見(jiàn)差距; Troll Plus 對(duì)應(yīng)的組清晰度較低,亮度低;柱式病毒 DHARNA 雙提試劑盒對(duì)應(yīng)的組未發(fā)現(xiàn)條帶,表現(xiàn)不理想。 圖 2 CSFV DNA 瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果 (M 為 Marker,0 為空白對(duì)照,1-3、4-6、7-9、10-12、13-15 分別為 3 個(gè)平行組,依次對(duì)應(yīng)Liaison Plus、RNAOUT、Troll Plus、柱式病毒 DHARNA 雙提試劑盒、Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒) 2.1.3 日本乙型腦炎弱毒活疫苗檢測(cè)

25、結(jié)果 從圖 3 可以看出,Liaison Plus、RNAOUT、Troll Plus 和 Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒對(duì)應(yīng)的組之間,電泳條帶亮度和清晰度很高。其中, Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒對(duì)應(yīng)的組條帶最清晰、亮度最高;Liaison Plus 和 RNAOUT 對(duì)應(yīng)的組條帶中度清晰、亮度中等,但兩組之間無(wú)肉眼可見(jiàn)差距;Troll Plus 對(duì)應(yīng)的組清晰度較低,亮度低;柱式病毒 DHARNA 雙提試劑盒對(duì)應(yīng)的組未發(fā)現(xiàn)條帶,表現(xiàn)不理想。 圖 3 JEV DNA 瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果 (M 為 Marker,0 為空白對(duì)照,1-3、4-6

26、、7-9、10-12、13-15 分別為 3 個(gè)平行組,依次對(duì)應(yīng) Liaison Plus、RNAOUT、Troll Plus、柱式病毒 DHARNA 雙提試劑盒、Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒) 2.2 Real-time PCR 檢測(cè)結(jié)果 2.2.1 高致病性豬繁殖于呼吸綜合癥活疫苗(JXA1-R 株)檢測(cè)結(jié)果 從圖 4 可以看出,Liaison Plus、RNAOUT、Troll Plus、柱式病毒 DHARNA 雙提試劑盒和 Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒對(duì)應(yīng)的組 CT 值均較低。其中,Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒對(duì)應(yīng)的組

27、CT 值最低;Liaison Plus 和RNAOUT 對(duì)應(yīng)的組 CT 值其次,但兩組間差距不明顯;Troll Plus 對(duì)應(yīng)的組 CT 值稍高;柱式病毒 DHARNA 雙提試劑盒對(duì)應(yīng)的組 CT 值最高。 圖 4 PRRSV Real-time PCR 檢測(cè)結(jié)果 (Tamara、天恩澤、天為、天恩澤盒、快靈盒依次對(duì)應(yīng) Liaison Plus、RNAOUT、Troll Plus、柱式病毒 DHARNA 雙提試劑盒、Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒) 2.2.2 豬瘟耐熱保護(hù)劑活疫苗檢測(cè)結(jié)果 從圖 5 可以看出,Liaison Plus、RNAOUT、Troll Pl

28、us、柱式病毒 DHARNA 雙提試劑盒和 Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒對(duì)應(yīng)的組 CT 值均較低。其中,Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒對(duì)應(yīng)的組 CT 值最低;Liaison Plus 和 RNAOUT 對(duì)應(yīng)的組 CT 值其次,但兩組間差距不明顯;Troll Plus 和柱式病毒 DHARNA 雙提試劑盒對(duì)應(yīng)的組 CT 值稍最高,但兩組間差距不明顯。 圖 5 CSFV Real-time PCR 檢測(cè)結(jié)果 (Tamara、天恩澤、天為、天恩澤盒、快靈盒依次對(duì)應(yīng) Liaison Plus、RNAOUT、Troll Plus、柱式病毒 DH

29、ARNA 雙提試劑盒、Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒) 2.2.3 日本乙型腦炎弱毒活疫苗檢測(cè)結(jié)果 從圖 6 可以看出,Liaison Plus、RNAOUT、Troll Plus、柱式病毒 DHARNA 雙提試劑盒和 Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒對(duì)應(yīng)的組 CT 值均較低。其中,Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒對(duì)應(yīng)的組 CT 值最低;Liaison Plus 和 RNAOUT 對(duì)應(yīng)的組 CT 值其次,但兩組間差距不明顯;Troll Plus 對(duì)應(yīng)的組 CT 值稍高;柱式病毒 DHARNA 雙提試劑盒對(duì)應(yīng)的組 CT 值最高。 圖 6

30、JEV Real-time PCR 檢測(cè)結(jié)果 (Tamara、天恩澤、天為、天恩澤盒、快靈盒依次對(duì)應(yīng) Liaison Plus、RNAOUT、Troll Plus、柱式病毒 DHARNA 雙提試劑盒、Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒) 3 討論 RNA 的提取是分子生物學(xué)的基礎(chǔ)[21],如何提取從動(dòng)物細(xì)胞和組織中提取高質(zhì)量的 RNA 更是科研研究和病原診斷的關(guān)鍵。只有獲得高純度、高濃度和完整性好的 RNA 才能更好的進(jìn)行下游反應(yīng),如 DNA 文庫(kù)構(gòu)建、熒光定量 PCR、CRT、 Northern 雜交等下游分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)。 RNA 的提取關(guān)鍵在于組織細(xì)胞裂解。組織

31、裂解方法有很多,包括胍鹽裂解法、堿裂解法、CTAB 裂解法和酚油抽提法等,這類方法雖然具有提取高純度核酸的優(yōu)點(diǎn),但是普遍存在實(shí)驗(yàn)步驟多、操作繁瑣、耗時(shí)長(zhǎng)以及部分存在毒性等缺點(diǎn)[22]。隨著生物產(chǎn)業(yè)的商業(yè)化發(fā)展,很多試劑公司根據(jù)組織裂解的方法設(shè)計(jì)出了很多商品化試劑,比如 Tamara 公司的 Liaison Plus、天為生物科技有限公司的 Troll Plus,天恩澤基因科技有限公司的動(dòng)物 RNAOUT 等。這些試劑可以從動(dòng)物組織、培養(yǎng)細(xì)胞和微生物中簡(jiǎn)單、快速的提取 RNA,且獲得的 RNA 完整性好,純度高操作過(guò)程簡(jiǎn)單,并且毒性小,實(shí)驗(yàn)危險(xiǎn)性小。 通常情況下,分子生物學(xué)試驗(yàn)只需單獨(dú)提取一

32、種類型的核酸(DNA/RNA)或蛋白質(zhì)。如果想要同時(shí)獲得 DNA、RNA 以及蛋白質(zhì),則需要分別提取。顯然這種方式效率不高,因此,隨著科技的進(jìn)步,出現(xiàn)了很多商品化試劑盒,如天恩澤基因科技有限公司的柱式病毒 DHARNA 雙提試劑盒法、快靈生物科技有限公司的 Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒等。此類方法操作起來(lái)簡(jiǎn)便,時(shí)間短,可以同時(shí)提取 DNA 和 RNA,毒性小,且獲得的核酸完整性好,純度高等。 筆者所在實(shí)驗(yàn)室選取了市售的三種細(xì)胞裂解液(Liaison Plus、Troll Plus 和 RNAOUT)和兩種 DNA\RNA 共提試劑盒(柱式病毒 DHARNA 雙提試劑盒、

33、 Queasy 快速DNA/RNA 共提試劑盒)。分別對(duì)豬繁殖與呼吸綜合征病毒(PRRSV)、豬瘟病毒(CSFV)和乙型腦炎病毒(JEV)三種疫苗毒的 RNA 進(jìn)行提取,而后進(jìn)行 CRT 將所提取的 RNA 轉(zhuǎn)換成 DNA,分別用于普通 PCR 并進(jìn)行瓊脂糖 凝膠電泳和 Real-time PCR,之后分別通過(guò)瓊脂糖凝膠電泳條帶清晰度、亮度和Real-time PCR CT 值來(lái)間接對(duì)所提取 RNA 質(zhì)量作評(píng)價(jià)和比較。 瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果表明,對(duì)于 PRRSV,Liaison Plus、RNAOUT、Troll Plus 和 Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒所對(duì)應(yīng)的組均可見(jiàn)清

34、晰度高,亮度高的條帶,表明對(duì)應(yīng) DNA 質(zhì)量好,間接表明所提取的 RNA 質(zhì)量好。因此,上述試劑可用于臨床 PRRSV 的病毒檢測(cè)以及定性分析。對(duì)于 CSFV,Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒所對(duì)應(yīng)的組條帶最清晰、亮度最高,其次是 Liaison Plus 和 RNAOUT,Troll Plus 稍差。因此,對(duì)于臨床 CSFV 的病毒檢測(cè)以及定性分析,首選 Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒、Liaison Plus 和 RNAOUT。對(duì)于 JEV,Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒所對(duì)應(yīng)的組條帶最清晰、亮度最高, 其次是 Liaison Plus

35、 和 RNAOUT,Troll Plus 稍差。因此,對(duì)于臨床 JEV 的病毒檢測(cè)以及定性分析,首選 Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒、Liaison Plus 和 RNAOUT。 Real-time PCR 結(jié)果表明,對(duì)于 PRRSV,Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒對(duì)應(yīng)的組 CT 值最低,表明對(duì)應(yīng)的 DNA 濃度和純度最好,間接說(shuō)明所提取的 RNA 質(zhì)量最好。其次是 Liaison Plus 和 RNAOUT,柱式病毒 DHARNA 雙提試劑盒和 Troll Plus 表現(xiàn)不理想。因此,對(duì)于臨床 PRRSV 的病毒檢測(cè)以及定量分析, 首選 Queasy 快速

36、DNA/RNA 共提試劑盒、Liaison Plus 和RNAOUT。對(duì)于 CSFV, Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒對(duì)應(yīng)的組 CT 值最低,表明對(duì)應(yīng)的 DNA 濃 度和純度最好,間接說(shuō)明所提取的 RNA 質(zhì)量最好。其次是 Liaison Plus 和 RNAOUT,柱式病毒 DHARNA 雙提試劑盒和 Troll Plus 表現(xiàn)不理想。因此, 對(duì)于臨床 CSFV 的病毒檢測(cè)以及定量分析,首選 Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒、Liaison Plus 和 RNAOUT。對(duì)于 JEV,Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒對(duì)應(yīng)的組 CT 值最

37、低,表明對(duì)應(yīng)的 DNA 濃度和純度最好,間接說(shuō)明所提取的 RNA 質(zhì)量最好。其次是 Liaison Plus 和 RNAOUT,柱式病毒 DHARNA 雙提試劑盒和 Troll Plus 表現(xiàn)不理想。因此,對(duì)于臨床 JEV 的病毒檢測(cè)以及定量分析,首選 Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒、Liaison Plus 和 RNAOUT。 本次實(shí)驗(yàn)僅僅對(duì) PRRSV,CSFV 和 JEV 三種 RNA 病毒的疫苗毒 RNA 進(jìn)行提取比較。以上三種病毒均為臨床常見(jiàn)的 RNA 病毒,具有代表性。通過(guò)比較分析實(shí)驗(yàn)結(jié)果,筆者認(rèn)為當(dāng)臨床需要對(duì) PRRSV,CSFV 和 JEV 三種 RNA 病

38、毒進(jìn)行檢測(cè)時(shí),可首選 Queasy 快速 DNA/RNA 共提試劑盒和 Liaison Plus 和 RNAOUT 兩種細(xì)胞裂解液,獲得的 RNA 質(zhì)量好,利于后續(xù)實(shí)驗(yàn)的進(jìn)行。 隨著科學(xué)技術(shù)的進(jìn)步,市面上已經(jīng)出現(xiàn)自動(dòng)核酸提取儀,如 ABI 公司的 ABI PRISMTM 6100 核酸提取儀,半個(gè)小時(shí)即可完成 96 個(gè)樣品的純化工作,并且可純化來(lái)自多種生物樣本的總 RNA 和基因組 DNA[23]。隨著科技的發(fā)展,類似的儀器也在不斷出現(xiàn)和升級(jí),但由于成本較高,且有時(shí)并不需要同時(shí)提取 96 個(gè)樣本,因此多數(shù)高校和科研機(jī)構(gòu)并未普及。 每種 RNA 提取方法均有其各自的優(yōu)勢(shì),如何選擇合適的 RN

39、A 提取方法應(yīng)根據(jù)提取對(duì)象、所需濃度和數(shù)量、時(shí)間以及純度等來(lái)綜合選擇。隨著科學(xué)技術(shù)的進(jìn)步, 相信動(dòng)物組織 RNA 提取的方法會(huì)越來(lái)越簡(jiǎn)便、快速、高效。 致謝 參考文獻(xiàn): [1] Jun H L, Chan H T. A simple rapid and effective method for total RNA extraction from Tendentiousness [J]. Biotechnology, 2006, 28: 1193-1197 [2] Brooks,Joseph,Edward F Kitsch,Thomas Mannerist.Molec

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